四川省甘孜藏族自治州藏医院始建于1984年，建院以来，在上级党委政府的关心、重视、支持下，在上级卫生行政主管部门的领导下，全院职工齐心协力、艰苦创业，使藏医院从无到有、逐步发展，现已成为全州藏医医疗、教学、科研、制药等业务技术的指导中心、四川省藏医药人才培训基地和甘孜州医疗保险定点医院。为藏医药事业的发展和广大农牧民群众、干部职工防病治病保障健康，以及对本地区的社会进步和经济发展发挥了积极的作用。
四川省甘孜藏族自治州藏医院规模为人员编制70人，设置床位50张。医院继承弘扬藏医藏药，不断提高自身学术技术水平，始终坚持“突出藏医药特色，发挥藏医药优势，运用现代科学技术，提高综合服务能力”的办院方向。设置了藏医门诊部、住院部、藏医药研究所。开设了藏医胃病、肝病、糖尿病、风湿类风湿、心脑血管疾病、藏西医结合、中医科、藏药制剂室、检验科、彩超、胃镜等临床科室23个，其中藏医类风湿病专科、脾胃病专科、糖尿病专科于2008年底被列为国家中医药管理局“十一五”重点专病专科。年均诊治门诊、住院各类病人5万余人次。培养培训了各类藏医药人才600余名。承担并完成了国家科研课题2项，科技部创新基金1项（此项目填补了甘孜州空白）；四川省科研课题4项（其中藏药“佐塔”的安全性研究获四川省人民政府科技进步奖）；甘孜州科研课题5项。研究开发了治疗类风湿性关节炎的国家中药（藏药）三类新药“然降多吉胶囊”获国家临床研究批文，并完成了临床研究工作。申请获得了国家发明专利3项。收集整理了一大批藏医药古籍文献。在国际国内各类学术刊物上发表学术论文140余篇。研制生产各类藏成药260余种，其中名贵仁青系列药物17种，获得了195个藏药制剂批准文号，年生产藏药制剂1万2千余公斤，满足了临床和科研用药。
四川省甘孜藏族自治州藏医院注重自身人才培养，不断提高队伍素质，拥有各类卫生技术人员70人，其中具有正高专业技术职称3人，副高技术职称8人，中级专业技术职称26人。有12人为国家和省级名老中藏医药专家学术技术继承人，并经考核评审合格先后出师；有4人享受国务院政府特殊津贴；有4人获“四川省名中医”称号；有2人获“甘孜州名中医”称号；有1 人获甘孜州首批拔尖人才；有1人为甘孜州学术技术带头人；有7人为甘孜州卫生系统学科带头人。还通过其他各种形式培训培养了各类藏医药人才，使医院的人才结构趋于合理，人才队伍整体素质有了较大提高。
四川省甘孜藏族自治州藏医院全体员工，团结一致、努力拼搏，使各项工作取得了良好的成绩。医院先后获得了四川省达标藏医院；四川省人民政府中医药发展先进集体；四川省人事厅、省卫生厅、省中医药管理局全省卫生系统先进集体、科技先进单位、民族地区中藏医药人才培养先进单位、四川省卫生先进单位；四川省红十字会十佳博爱医院；四川省知识产权试点单位；甘孜州人才开发示范单位；甘孜州科技普及与创新示范基地等荣誉称号。2006年6月，“甘孜州南派藏医药”由甘孜州藏医院申报获得了国务院公布、文化部颁布的“非物质文化遗产”，2007年3月又获得了四川省人民政府公布、文化厅颁布的“四川省非物质文化遗产”。